Trường THPT Ngô Quyền là trường công lập thực hiện dạy - học 2 buổi/ngày theo quyết định của UBND Tp.HCM, trong đó chương trình buổi 1 (buổi sáng) theo quy định của Bộ Giáo dục và Đào tạo, chương trình buổi 2 (buổi chiều) gồm các môn tự chọn và dạy theo chuyên đề nâng cao của các tổ hợp môn mà học sinh đã chọn ở buổi 1.